1月6日，中國科學(xué)院廣州生物醫藥與健康研究院陳捷凱課題組開(kāi)發(fā)的單細胞數據IO軟件“scDIOR”于BMC Bioinformatics雜志在線(xiàn)發(fā)表。該軟件統一了多種單細胞分析工具的數據結構，使單細胞數據能夠在不同平臺間快速轉換，減少存儲和內存消耗，將顯著(zhù)提升單細胞研究的效率。

　　單細胞測序應用極廣，其數據具有樣本量大、信息量大、統計和挖掘極為復雜等特點(diǎn)，科學(xué)家往往需要不斷切換不同軟件，不同平臺來(lái)滿(mǎn)足分析需求。然而，單細胞數據在不同平臺之間的傳輸存在技術(shù)障礙，導致科學(xué)家將大量的時(shí)間花費在數據轉換上，嚴重影響研究效率。

　　為了解決上述問(wèn)題，陳捷凱課題組開(kāi)發(fā)了軟件scDIOR，統一了R和python平臺的三種主流的數據結構，即Seurat，SingleCellExperiment和Scanpy。通過(guò)scDIOR，單細胞數據以統一的H5格式保存，無(wú)論從哪個(gè)平臺開(kāi)始，只需兩行代碼就可實(shí)現單細胞數據在不同工具包之間的快速轉換，支持轉錄組和空間組等多種數據類(lèi)型（可繼續迭代增加），最大程度地保留了原始信息。因此，scDIOR可以快速比較一項分析任務(wù)在不同工具包的差異；依托H5文件格式的“組”，提供部分數據讀取功能，大幅度減少內存消耗和時(shí)間消耗；設計了命令行指令，可實(shí)現批量數據轉化。綜上所述，scDIOR可以應用建立一個(gè)標準的單細胞數據結構，將不同工具的優(yōu)勢連接起來(lái)，幫助科學(xué)家更高效地完成單細胞的研究工作。

　　本研究在陳捷凱研究員和林立惠博士指導下，由生物島實(shí)驗室實(shí)習研究員馮輝堅完成。軟件已經(jīng)過(guò)大量用戶(hù)使用優(yōu)化，可在GitHub下載（鏈接 https://github.com/JiekaiLab/scDIOR），也歡迎提出寶貴意見(jiàn)（可發(fā)至feng_huijian@grmh-gdl.cn）。

　　論文鏈接

　　單細胞數據IO軟件scDIOR

　　scDIOR很方便地實(shí)現數據在平臺間的轉換，將不同工具的優(yōu)勢連接起來(lái)