2018年博士畢業(yè)于華中農業(yè)大學(xué)農業(yè)微生物國家重點(diǎn)實(shí)驗室,同年入選第三屆中國博士后創(chuàng )新人才支持計劃。2022年完成國家重點(diǎn)實(shí)驗室博士后工作,入職上海交通大學(xué)醫學(xué)院,擔任副研究員、課題組長(cháng)(PI)。2025年3月加入中國科學(xué)院廣州生物醫藥與健康研究院,擔任譜系技術(shù)與裝備研究中心基因組多維技術(shù)研究組組長(cháng)(PI)、研究員。
1)主要研究方向:
腫瘤基因組學(xué)、三維基因組學(xué)、基因組結構變異與轉錄調控、單細胞基因多維組學(xué)技術(shù)開(kāi)發(fā)。
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2)課題組簡(jiǎn)介:
課題組近年來(lái)一直圍繞基因組學(xué)進(jìn)行新技術(shù)開(kāi)發(fā)、基礎研究、應用轉化工作,開(kāi)發(fā)了一批具有自主知識產(chǎn)權的多維染色質(zhì)構象及結構變異捕獲新方法,如針對單細胞的基因組異常與三維結構共檢測技術(shù)Uni-C(Nature Communications,2025,小修修回),專(zhuān)用于腫瘤及遺傳病基因組異常篩查的MGA-Seq(Genome Biology,2023),高通量單細胞三維結構捕獲技術(shù)sciDLO Hi-C(Nature Communications,2022),以及針對大量細胞高分辨率三維結構捕獲的DLO Hi-C(Nature Genetics,2018)。這些新方法大幅降低了研究成本,提高了解析精度,其中DLO Hi-C被Nature Genetics專(zhuān)文評述為“優(yōu)雅巧妙的文庫構建策略”,并被Nature,Nature Genetics等經(jīng)典期刊廣泛引用。
利用該系列技術(shù),我們鑒定了腫瘤及遺傳性疾病中多種新型基因組結構變異并進(jìn)行了新抗原預測,繪制了染色體外DNA(Extrachromosomal DNA,ecDNA)空間調控網(wǎng)絡(luò ),解析了免疫細胞發(fā)育及感染免疫過(guò)程中的染色質(zhì)重塑與表觀(guān)修飾重編程,提出了染色質(zhì)有序性的概念,并結合GWAS(Genome-Wide Association Studies)數據拓展了感染性疾病易感基因,挖掘了新的治療靶點(diǎn)和藥物。
1)?國家自然科學(xué)基金委員會(huì ),面上項目,32370685,基于腫瘤基因組三維結構特征開(kāi)發(fā)群體及單細胞ecDNA檢測方法并探究其突變規律及調控機制,2024-01-01 至 2027-12-31,50萬(wàn)元,在研,主持
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2)?國家自然科學(xué)基金委員會(huì ),青年科學(xué)基金項目,31900432,開(kāi)發(fā)單細胞DLO Hi-C技術(shù)并解析衰老過(guò)程中海馬-內嗅皮層神經(jīng)環(huán)路基因組三維構象動(dòng)態(tài)變化,2020-01-01 至 2022-12-31,25萬(wàn)元,結題,主持
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3)?人力資源和社會(huì )保障部、全國博士后管委會(huì ),博士后創(chuàng )新人才支持計劃,BX20180113,利用單細胞DLO Hi-C技術(shù)解析結核分枝桿菌潛伏感染后宿主基因組表觀(guān)修飾的變化及挖掘結核易感基因,2018-10 至 2020-09,60萬(wàn)元,結題,主持
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4)?中國博士后科學(xué)基金會(huì ),面上項目(一等),2018M640710,結核分枝桿菌感染誘發(fā)宿主基因組表觀(guān)修飾變化的研究,2019-01 至 2020-12,8萬(wàn)元,結題,主持
1)?Da Lin#*;Yanyan Zou#;Xinyu Li;Jinyue Wang;Qin Xiao;Xiaochen Gao;Fei Lin;Ningyuan Zhang;Ming Jiao;Yu Guo;Zhaowei Teng;Shiyi Li;Yongchang Wei;Fuling Zhou;Rong Yin;Siheng Zhang;Lingyu Xing;Weize Xu;Xiaofeng Wu;Bing Yang;Ke Xiao;Chengchao Wu;Yingfeng Tao;Xiaoqing Yang;Jing Zhang;Sheng Hu;Shuang Dong;Xiaoyu Li;Shengwei Ye;Zhidan Hong;Yihang Pan;Yuqin Yang;Haixiang Sun*;Gang Cao*;MGA-seq: robust identification of extrachromosomal DNA and genetic variants using multiple genetic abnormality sequencing,Genome Biology,2023,24(1)
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2)?Da Lin#;Weize Xu#;Ping Hong#;Chengchao Wu;Zhihui Zhang;Siheng Zhang;Lingyu Xing;Bing Yang;Wei Zhou;Qin Xiao;Jinyue Wang;Cong Wang;Yu He;Xi Chen;Xiaojian Cao;Jiangwei Man;Aikebaier Reheman;Xiaofeng Wu;Xingjie Hao;Zhe Hu;Chunli Chen;Zimeng Cao;Rong Yin;Zhen F. Fu;Rong Zhou;Zhaowei Teng;Guoliang Li*;Gang Cao*;Decoding the spatial chromatin organization and dynamic epigenetic landscapes of macrophage cells during differentiation and immune activation,Nature Communications,2022,13(1):5857
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3)?Da Lin#;Ping Hong#;Siheng Zhang;Weize Xu;Muhammad Jamal;Keji Yan;Yingying Lei;Liang Li;Yijun Ruan;Zhen F. Fu;Guoliang Li*;Gang Cao*;Digestion-ligation-only Hi-C is an efficient and cost-effective method for chromosome conformation capture,Nature Genetics,2018,50(5):754-763?(亮點(diǎn)文章,Nature genetics同期評論文章專(zhuān)題報道)
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4)?Xiaochen Gao#;Xinyu Li#;Weize Xu;Ming Jiao;Yu Guo;Jiajia Wang;Weihao Wang;Jiling Feng;Qianqian Guo;Chengchao Wu;Taiyu Zhang;Yuqin Yang*;Da Lin*;Identification of multiple genomic alterations and prediction of neoantigens from circulating tumor cells at the single-cell level,Nature Communications,2025?(小修修回)
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5)?Zhihui Zhang#;Chengchao Wu;Khaista Rahman;Weize Xu;Guoliang Li*;Da Lin*;Gang Cao*;Robust capturing chromosome conformation using the DLO Hi-C 2.0 method,Journal of Genetics and Genomics,2020,47(10):655-658
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6)?Da Lin;Siheng Zhang;Zhihui Zhang;Weize Xu;Ping Hong;Guoliang Li;Gang Cao;The?“toolbox” for chromatin conformation capture,SCIENTIA SINICA Vitae,2020,50(5):497-505
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7)?Jun Min#;Da Lin#;Qingye Zhang;Jibing Zhang;Ziniu Yu;Structure-based virtual screening of novel inhibitors of the uridyltransferase activity of Xanthomonas oryzae pv. oryzae GlmU,European Journal of Medicinal Chemistry,2012,53: 150-158